Το Παρατηρητήριο Οικονομικών και Κοινωνικών Εξελίξεων του Ινστιτούτου Εργασίας της ΓΣΕΕ οργανώνεται στις ακόλουθες 3 ερευνητικές μονάδες:
1) Μονάδα Μακροοικονομικής Ανάλυσης και Οικονομικού Μετασχηματισμού
2) Μονάδα Κοινωνικής Πολιτικής, Φτώχειας και Ανισοτήτων
3) Μονάδα Απασχόλησης και Εργασιακών Σχέσεων
Κάθε ερευνητική μονάδα συντονίζεται από τον επιστημονικό της υπεύθυνο, που έχει τη συνολική ευθύνη για την οργάνωση και τη λειτουργία της. Οι ερευνητικές μονάδες αποτελούνται από ομάδες έρευνας που βρίσκονται υπό την καθοδήγηση των επιμέρους συντονιστών. Στο Παρατηρητήριο συμμετέχουν τόσο μόνιμα στελέχη του Ινστιτούτου Εργασίας όσο και εξωτερικοί συνεργάτες οι οποίοι είναι καταξιωμένα μέλη της ακαδημαϊκής και επιστημονικής κοινότητας. Η σύναψη συνεργασιών και οι δυνατότητες απασχόλησης εξωτερικών συνεργατών ακολουθούν τις διαδικασίες που έχουν υιοθετηθεί από το Μητρώο Εξωτερικών Συνεργατών του ΙΝΕ (ΜΕΣΙΝΕ). Παράλληλα με τις 3 ερευνητικές μονάδες, στο Παρατηρητήριο λειτουργεί και η Μονάδα Τεκμηρίωσης, που έχει βασική αρμοδιότητα την επεξεργασία ζητημάτων τα οποία αποτελούν βάση τεκμηρίωσης των θέσεων της ΓΣΕΕ στους θεσμούς εκπροσώπησης, κοινωνικού διαλόγου και διαβούλευσης. Το Παρατηρητήριο στο σύνολό του συντονίζεται από τον Υπεύθυνο του Έργου και την Επιστημονική Επιτροπή, η οποία αποτελείται από τους επιστημονικούς υπευθύνους των μονάδων και έχει την ευθύνη για το σχεδιασμό της ερευνητικής δραστηριότητας και την αξιολόγηση των εργασιών προς δημοσίευση.